化学清洗:表面反应以化学反应为主的等离子体清洗，又称PE。

例：O2＋e－→2O※+e－ O※＋有机物→CO2+H2O

从反应式可见，氧等离子体通过化学反应可使非挥发性有机物变成易挥发的H2O和CO2。

例：H2+e-→2H※+e- H※+非挥发性金属氧化物→金属＋H2O

从反应式可见，氢等离子体通过化学反应可以去除金属表面氧化层，清洁金属表面。

物理清洗：表面反应以物理反应为主的等离子体清洗，也叫溅射腐蚀（SPE）。

例：Ar＋e-→Ar++2e- Ar++沾污→挥发性沾污

Ar+在自偏压或外加偏压作用下被加速产生动能，然后轰击被清洗工件表面，一般用于去除氧化物、环氧树脂溢出或是微颗粒污染物，同时进行表面能活化。